本校於1994年7月1日正式成立,被譽為花東縱谷裡的學術殿堂,從無到有,篳路藍縷,一磚一瓦的把學校從甘蔗田與芒草花叢裡建設起來,除為臺灣培育高等教育人才外,更肩負發展臺灣東岸之責。
作為東部第一所綜合大學,於成立迄今,皆審慎而周延的規畫與進行校園建設及系所發展,2004年與海洋生物博物館合作設立海洋科學學院,增加了屏東校區。2008年與花蓮教育大學合併,期在民風純樸、天然及人文資源豐富的花蓮,發揮多元化的教育功能,提昇臺灣東部學術及文化水準,發揮產學合作機制,成為「大學城」與「科學城」於一體的雙城大學,朝向成為國際性一流大學的目標邁進。
目前本校共有三個校區:壽豐校區(校本部)、美崙校區與屏東校區,各有發展目標及任務。
壽豐校區座落在花東縱谷平原上的壽豐鄉,面積達251公頃,地勢寬廣平坦,空氣清新,景色秀麗宜人,適合學術研究與生活的優良環境,為本校主要的教學研究活動重心。
美崙校區原為花蓮教育大學,占地12公頃,位於花蓮市內,交通方便,現規劃為「東華創新研究園區」,協助東部「創新產業聚落」發展,成為東部「產業創新走廊」的泉源。
屏東校區位於墾丁海生館園區內,直接利用館內完善的教育研究硬體設施與優秀專業研究師資,培育海洋生技產業之高科技人才,對提升臺灣海洋科技研究及促成相關產業做出實質之貢獻。
自創校以來,除專心校內之建設、學術研究與教學外,更積極致力於東部社區教育之推廣與服務,辦理各類進修研習課程,提昇地方人力資源;同時開放校內各項資源,如圖書館、體育園區、講堂等設施,供地方民眾、學校使用,以達資源分享;本校師生亦積極投入地方教育、文化、社區等工作,實地參與、協助並指導各類活動。尤其對東部地區公、教人員在職進修與研習的推動最具成效,服務範圍南北長達近四百公里。
放眼世界各地一流大學,其卓越成就皆陶鑄於長期的成文與不成文之校園文化。本校期許成為國際一流學府,秉持自由、開放、和諧、卓越及樸實等原則,逐步建立優良的校園風氣與健全的校園規章,同時強化國際事務的專業課程,培養學生具備宏觀的國際視野及應對國際事務的能力,並在東部純樸的民風陶冶下,孕育出東華人特有的樸實敦厚精神。