1994-2007年

意函：校徽設計以「花」為主造型，代表東華大學的「華」。花形以四瓣花為形，象徵四個校園精神：自由、民主、創造、卓越。

理念： 以書本象徵教育，彰顯大學之教育功能。花形置於書本之上，象徵書中孕育出花般的完美結果，意即表現東華大學的教育，培育出四個校園精神向度的堅持與追求。此外，書本造型除了表示「開卷有益」，左右兩邊也各代表了海岸山脈與中央山脈，亦即象徵本校是位處於花東縱谷裡的學術殿堂。

1994-2007年校徽、校旗

2008年迄今

意函：立足於東台灣，與大自然山川共舞，有陽光般的積極學習態度，從東華出發活躍於世界的學術殿堂。

理念： 原國立東華大學與原國立花蓮教育大學兩校整合，logo外圍採圓形設計的理念，代表全校團結的意涵，圓形內上半部結合花蓮教育大學過去之意象，以吉祥花舞之動態造型，代表陽光與積極；圓形內下半部結合原東華校徽的意象，以小樹苗結合書本和山川造型，代表學校立足於有山有水的東臺灣(山川)，也隱喻學校負有積極培育國家人才的使命(小樹苗、書本)，而圖形內填滿綠色代表知識的寶庫，亦有如鵬鳥展翅，以此象徵學校未來將積極地發展。整體設計的理念，代表著東華大學將以一個全新的團隊，開創出一個自由、民主、創新與卓越的大學，並用心讓全世界看到東臺灣。

現行校徽、校旗